A 22 éves futballista 2017-ben helyezte át székhelyét Lyonba, akkor még csak kölcsönbe. Egy esztendővel később az OL végleg megvásárolta őt az Amiens-től, méghozzá nyolc millió euróért. A francia tehetség klubváltásáról már egy ideje hallani lehetett, ám a találgatások kedd délután véget értek: a Tottenham megerősítette, hogy nem kevesebb, mint 60 millió euróért megszerezte Ndombelét (ez az összeg ráadásul bizonyos bónuszokkal akár 70 millió euróra is nőhet).
Ezzel pedig a gall focista lett a Spurs valaha volt legdrágább igazolása, letaszítva a „trónról” Davison Sánchezt, akit korábban 47 millió euróért láncolt magához a londoni klub. További érdekesség, hogy Ndombele mindössze a második játékos, akit 2018 januárja óta szerződtetett az angol együttes, amikor is Lucas Moura érkezett a Paris Saint-Germaintől (a héten pedig ugye bejelentették Jack Clarke érkezését is, akit egyből kölcsönadtak eddigi kenyéradójának, a Leedsnek).
Ndombele – aki 2025-ig szóló kontraktust kötött a sarkantyúsokkal – a 2018/19-es idényben 49 meccsen jutott szóhoz a Lyonban, és három gólja mellett nyolc gólpasszal segítette a gárdát Ligue 1-bronzéremhez. A futballista korábban tíz alkalommal szerepelt a francia U21-es csapatban, majd 2018 októberében mutatkozott be a felnőttek között, azóta pedig már hatszoros válogatottnak vallhatja magát.